Caravaggio è una miniserie televisiva italiana basata sulla vita del pittore italiano Michelangelo Merisi da Caravaggio. Le prime scene di questa serie mostrano un gruppo di povera gente nel 1577 durante la peste, quando il Merisi aveva cinque anni.

Non avendo altra scelta e con il cuore a pezzi, la mamma di Michele è costretta a mandare il figlio a Milano da Simone Peterzano, pittore tardomanierista che accoglieva in casa e in bottega dei giovani apprendisti pittori, garantendo loro vitto e alloggio e assicurando loro che alla fine dell’apprendistato sarebbero stati in grado di esercitare in maniera autonoma la professione di pittore.

Per Michele non è facile vivere e studiare arte nella bottega di Simone Peterzano, in quanto il maestro è violento e subdolo. Ma le grandi capacità di Michele vengono presto fuori e sono subito apprezzate.

Michele non è più un ragazzino. Adesso è un uomo che sta dalla parte dei più deboli e degli innocenti spesso ancora abusati dal maestro Simone.

Tornato a casa dopo la morte della madre, Caravaggio trascorre un po' di tempo con la sua vecchia amica d'infanzia Costanza Colonna. Caravaggio le parla del suo progetto di trasferirsi a Roma, città che secondo lui può offrire tanto agli artisti.

Arrivato a Roma, Caravaggio cerca lavoro presso le botteghe di due pittori italiani a quel tempo già affermati. Mostra loro uno dei suoi lavori, ma viene deriso e mandato via.

Caravaggio incontra Mario Minniti, pittore siciliano che diventò amico, modello e collaboratore di Caravaggio. Il Fanciullo con canestra di frutta è un dipinto che potrebbe risalire a quando Caravaggio conobbe Minniti, tanto da ipotizzare che il ragazzo ritratto nel dipinto fosse proprio lo stesso giovane Minniti.

Caravaggio incontra Onorio Longhi, architetto e poeta italiano, dallo spirito eccentrico e bohemién. Onorio porta Caravaggio dal suo amico Cesare D'Arpino, il quale è in cerca di assistenti per la sua bottega.

Caravaggio incontra il barone Cenci e sua figlia. Il barone apprezza uno dei quadri che Caravaggio ha appena completato. La figlia del barone è nella sua carrozza e scambia quattro chiacchiere con Caravaggio.

Michele regala uno dei suoi ultimi lavori a Beatrice Cenci, la figlia del conte Cenci, tristemente incatenata nella sua carrozza. A causa di un incidente con un calesse, Michele si ferisce gravemente ad una gamba.

Caravaggio riesce a vendere uno dei suoi quadri e decide di lasciare la bottega di Cavalier d'Arpino, nel tentativo di mettersi in proprio. Dopo aver trovato una stanza in cui andare a vivere, inizia a lavorare al dipinto Ragazzo morso da un ramarro.

Prosperino cerca di vendere il quadro Ragazzo morso dal ramarro, ma i mercanti d'arte non sembrano apprezzarlo. Michele e Mario perdono facilmente la pazienza con i mercanti d'arte che vogliono offrire poco e niente per il quadro di Michele.

Michele e Mario non stanno attraversando un bel momento. Soffrono la fame e ancora nessuno apprezza veramente i quadri di Michele.

Michelangelo inizia a farsi notare tra i mercanti d'arte e i facoltosi, tanto che il cardinale Francesco Maria Del Monte gli offre alloggio presso la residenza dei Medici a Firenze.

Il giovane Michelangelo entra al servizio del cardinal Francesco Maria del Monte, grandissimo uomo di cultura e appassionato d'arte. In cambio della sua ospitalità, Michelangelo dovrà dedicarsi completamente alla pittura.

Da una conversazione tra il cardinale e il marchese Giustiniani, importante collezionista d'arte d'Europa, apprendiamo della morte di Francesco Cenci. Il marchese Giustiniani apprezza i lavori di Michele, al contrario del maestro Zuccari.

Caravaggio torna nella taverna frequentata da Ranuccio e Fillide. Decide di sfidare Ranuccio per avere Fillide tutta per sé.

È il giorno della sfida al gioco della pallacorda. Chi vincerà tra Caravaggio e Ranuccio?

Dopo aver ultimato il ritratto, Caravaggio e Fillide si concedono un momento di passione.

Durante una cena a casa di Fillide, l'avvocato Strozzi racconta la storia di Beatrice Cenci, arrestata per presunto parricidio. Michele non condivide minimamente la sua versione dei fatti e il modo in cui parla di Beatrice così gli si scaglia contro.

Michele ritorna a Palazzo e ad aspettarlo ci sono il Cardinale e Costanza Colonna. Beatrice Cenci, accusata di parricidio, si difende davanti a Sua Santità.

Nessuno fu in grado di salvare Beatrice Cenci dalle accuse dell'Inquisizione. Prima le torture e poi la terribile esecuzione in una piazza gremita di folla.

L'Inquisizione aveva una funzione repressiva e il suo compito era la difesa dell'integrità della fede. Una delle sue tante vittime fu Giordano Bruno, filosofo, scrittore e frate domenicano italiano vissuto nel XVI secolo. Per le sue teorie, giudicate eretiche dal tribunale dell'Inquisizione dello Stato Pontificio, Bruno fu condannato e bruciato sul rogo a Roma il 17 febbraio 1600.

Fillide non è più disposta a posare per Michele e il cardinale non approva e non condivide lo stile di vita di Michele.

Dopo un severo rimprovero, il Cardinale dà a Caravaggio una notizia sorprendente.

Finalmente i quadri di Caravaggio sono pronti e vengono esposti al pubblico che non può far altro che restare a bocca aperta.

Se qualcuno cerca di screditare il nome di Caravaggio, qualcun altro invece vuole imparare le sue arti e conoscere ogni novità che lo riguarda. Tra una critica e un pettegolezzo, il maestro non manca di far circolare il suo nome.

Michele si precipita a parlare con il notaio per capire come ha fatto ad avere un suo quadro. Qui scopre che in realtà è una copia e la sua reazione lo obbliga ad andarsene. Per strada però troverà il modo di regolare i conti, basta seguire le lezioni.

Dopo quello che è successo con la vecchia guardia, se ne dicono di tutti i colori su Michele. Lui però, noncurante, coltiva contatti con appassionati d'arte e si confida sul tema dell'amore con Costanza.

Una nuova ordinanza stabilisce che le opere pubbliche debbano essere approvate dal cardinale Borghese. Michele è molto arrabbiato e vuole capire quale sia la vera motivazione del rifiuto del suo quadro. Tutto sembra essere contro di lui, non basterà fare una nuova opera.

A Michele viene comunicato che il contratto che lega la prediletta a Strozzi prevede fedeltà quindi la storia tra i due amanti sembra giunta alla fine. Vediamo se sarà così. Per strada Giovanni Baglione fa un bizzarro incontro con persone mascherate che gli dedicano dei versi, ma di chi si tratta?

Per strada di sera le cose si agitano e durante la collutazione uno dei Tomassoni viene ferito. Mentre tutti scappano all'arrivo della milizia, Caravaggio è costretto a salutare un amico, ma si imbatte in un'altra presenza amica.

Michele ha cercato di difendere i suoi amici e per questo è stato arrestato. A causa di questo episodio forse la sua protezione è compromessa. Ma ci sono anche buone notizie: gli sono stati commissionati due nuovi quadri per i quali si mette subito a lavoro.

Michele sta cercando di dipingere alla perfezione i dettagli della sua modella ma non è del tutto soddisfatto. Il giorno dopo essere stati insieme, Michele le chiede di restare con lui.

Michele sta realizzando un nuovo quadro per la Chiesa che potrebbe farlo tornare degno di fiducia. Gli viene comunque ricordato di non confondere gli uomoni con i santi, chissà se ci riuscirà.

Michele mostra un dipinto a Papa Borghese il quale aveva accettato di farsi ritrarre. Il quadro viene visto come una sfida a causa del soggetto che il pittore ha usato per rappresentare la Vergine. Intanto, qualcuno ha aggredito la sua donna e per questo ci saranno conseguenze.

Michele è gravemente ferito ma il suo avversario nel duello pare essere ben più grave.

Michele è stato condannato alla pena capitale e gli stanno già dando la caccia. Con l'aiuto di Costanza e suo figlio però sembra che se la potrà cavare.

Michele viene accusato di essere un assassino e subito si pensa a fare in modo che non sia mai esistito. Intanto, viene introdotto a una persona potente che non dovrà farsi nemica.

Michele riconosce il cavaliere che gli aveva regalato la sua spada quando era un bambino. Rinnova quindi il suo desiderio di voler indossare la divisa, ma non tutti pensano che sia in buona fede.

Michele sta completando la sua opera e viene finalmente nominato Cavaliere. Il perdono sembra vicino ora che il Papa ha dato la sua approvazione, ma il percorso per la salvezza e la libertà non è ancora concluso.

Michele sta imparando ad usare con la spada come un vero cavaliere, quando arriva il ministro che chiede un duello. L'esercitazione però non finisce bene e Caravaggio potrebbe trovarsi nei guai.

Nonostante le forze lo stiano abbandonando, Michele viene salvato e portato al sicuro.

Mentre De Ponte continua la caccia per trovare Caravaggio, lui arriva a Siracura dove trova rifugio e forse anche un grande aiuto.

Michele si trova ancora in Sicilia e riesce a dipingere un altro capolavoro. La marchesa non si dà pace del fatto che Michele sia in pericolo e ricorre a tutti i mezzi in suo possesso.

Michele arriva a Messina. Intanto, la cortigiana va a chiedere come poter ottenere la grazia per lui.

Michele si trova ancora in Sicilia e ha lavorato in segreto ad un quadro che però viene definito mezzo vuoto. Nella sua folle reazione però qualcuno lo raggiunge per dargli un'inaspettata notizia.

All'arrivo Michele dovrebbe essere scortato per poi raggiungere Roma in carrozza, ma viene trattenuto perché sembra che sia ancora un condannato a morte. La sua preoccupazione però restano le tele rimaste sulla scialuppa.

Una volta capito cosa è successo, a Merisi vengono fatte le scuse e gli viene offerto un aiuto per recuperare le tele. La marchesa intanto sta cercando di raggiungerlo.

Caravaggio si trova in mare, ma non sembra che riuscirà a sopravvivere. La marchesa fa una corsa contro il tempo nella speranza di rivederlo.