L'Inquisizione aveva una funzione repressiva e il suo compito era la difesa dell'integrità della fede. Una delle sue tante vittime fu Giordano Bruno, filosofo, scrittore e frate domenicano italiano vissuto nel XVI secolo. Per le sue teorie, giudicate eretiche dal tribunale dell'Inquisizione dello Stato Pontificio, Bruno fu condannato e bruciato sul rogo a Roma il 17 febbraio 1600.

Fillide non è più disposta a posare per Michele e il cardinale non approva e non condivide lo stile di vita di Michele.

Dopo un severo rimprovero, il Cardinale dà a Caravaggio una notizia sorprendente.

Finalmente i quadri di Caravaggio sono pronti e vengono esposti al pubblico che non può far altro che restare a bocca aperta.

Se qualcuno cerca di screditare il nome di Caravaggio, qualcun altro invece vuole imparare le sue arti e conoscere ogni novità che lo riguarda. Tra una critica e un pettegolezzo, il maestro non manca di far circolare il suo nome.

Michele si precipita a parlare con il notaio per capire come ha fatto ad avere un suo quadro. Qui scopre che in realtà è una copia e la sua reazione lo obbliga ad andarsene. Per strada però troverà il modo di regolare i conti, basta seguire le lezioni.

Dopo quello che è successo con la vecchia guardia, se ne dicono di tutti i colori su Michele. Lui però, noncurante, coltiva contatti con appassionati d'arte e si confida sul tema dell'amore con Costanza.

Una nuova ordinanza stabilisce che le opere pubbliche debbano essere approvate dal cardinale Borghese. Michele è molto arrabbiato e vuole capire quale sia la vera motivazione del rifiuto del suo quadro. Tutto sembra essere contro di lui, non basterà fare una nuova opera.

A Michele viene comunicato che il contratto che lega la prediletta a Strozzi prevede fedeltà quindi la storia tra i due amanti sembra giunta alla fine. Vediamo se sarà così. Per strada Giovanni Baglione fa un bizzarro incontro con persone mascherate che gli dedicano dei versi, ma di chi si tratta?

Per strada di sera le cose si agitano e durante la collutazione uno dei Tomassoni viene ferito. Mentre tutti scappano all'arrivo della milizia, Caravaggio è costretto a salutare un amico, ma si imbatte in un'altra presenza amica.

Michele ha cercato di difendere i suoi amici e per questo è stato arrestato. A causa di questo episodio forse la sua protezione è compromessa. Ma ci sono anche buone notizie: gli sono stati commissionati due nuovi quadri per i quali si mette subito a lavoro.

Michele sta cercando di dipingere alla perfezione i dettagli della sua modella ma non è del tutto soddisfatto. Il giorno dopo essere stati insieme, Michele le chiede di restare con lui.

Michele sta realizzando un nuovo quadro per la Chiesa che potrebbe farlo tornare degno di fiducia. Gli viene comunque ricordato di non confondere gli uomoni con i santi, chissà se ci riuscirà.

Michele mostra un dipinto a Papa Borghese il quale aveva accettato di farsi ritrarre. Il quadro viene visto come una sfida a causa del soggetto che il pittore ha usato per rappresentare la Vergine. Intanto, qualcuno ha aggredito la sua donna e per questo ci saranno conseguenze.

Michele è gravemente ferito ma il suo avversario nel duello pare essere ben più grave.

Michele è stato condannato alla pena capitale e gli stanno già dando la caccia. Con l'aiuto di Costanza e suo figlio però sembra che se la potrà cavare.

Michele viene accusato di essere un assassino e subito si pensa a fare in modo che non sia mai esistito. Intanto, viene introdotto a una persona potente che non dovrà farsi nemica.

Michele riconosce il cavaliere che gli aveva regalato la sua spada quando era un bambino. Rinnova quindi il suo desiderio di voler indossare la divisa, ma non tutti pensano che sia in buona fede.

Michele sta completando la sua opera e viene finalmente nominato Cavaliere. Il perdono sembra vicino ora che il Papa ha dato la sua approvazione, ma il percorso per la salvezza e la libertà non è ancora concluso.

Michele sta imparando ad usare con la spada come un vero cavaliere, quando arriva il ministro che chiede un duello. L'esercitazione però non finisce bene e Caravaggio potrebbe trovarsi nei guai.

Nonostante le forze lo stiano abbandonando, Michele viene salvato e portato al sicuro.

Mentre De Ponte continua la caccia per trovare Caravaggio, lui arriva a Siracura dove trova rifugio e forse anche un grande aiuto.

Michele si trova ancora in Sicilia e riesce a dipingere un altro capolavoro. La marchesa non si dà pace del fatto che Michele sia in pericolo e ricorre a tutti i mezzi in suo possesso.

Michele arriva a Messina. Intanto, la cortigiana va a chiedere come poter ottenere la grazia per lui.