Caravaggio è una miniserie televisiva italiana basata sulla vita del pittore italiano Michelangelo Merisi da Caravaggio. Le prime scene di questa serie mostrano un gruppo di povera gente nel 1577 durante la peste, quando il Merisi aveva cinque anni.

Non avendo altra scelta e con il cuore a pezzi, la mamma di Michele è costretta a mandare il figlio a Milano da Simone Peterzano, pittore tardomanierista che accoglieva in casa e in bottega dei giovani apprendisti pittori, garantendo loro vitto e alloggio e assicurando loro che alla fine dell’apprendistato sarebbero stati in grado di esercitare in maniera autonoma la professione di pittore.

Per Michele non è facile vivere e studiare arte nella bottega di Simone Peterzano, in quanto il maestro è violento e subdolo. Ma le grandi capacità di Michele vengono presto fuori e sono subito apprezzate.

Michele non è più un ragazzino. Adesso è un uomo che sta dalla parte dei più deboli e degli innocenti spesso ancora abusati dal maestro Simone.

Tornato a casa dopo la morte della madre, Caravaggio trascorre un po' di tempo con la sua vecchia amica d'infanzia Costanza Colonna. Caravaggio le parla del suo progetto di trasferirsi a Roma, città che secondo lui può offrire tanto agli artisti.

Arrivato a Roma, Caravaggio cerca lavoro presso le botteghe di due pittori italiani a quel tempo già affermati. Mostra loro uno dei suoi lavori, ma viene deriso e mandato via.

Caravaggio incontra Mario Minniti, pittore siciliano che diventò amico, modello e collaboratore di Caravaggio. Il Fanciullo con canestra di frutta è un dipinto che potrebbe risalire a quando Caravaggio conobbe Minniti, tanto da ipotizzare che il ragazzo ritratto nel dipinto fosse proprio lo stesso giovane Minniti.

Caravaggio incontra Onorio Longhi, architetto e poeta italiano, dallo spirito eccentrico e bohemién. Onorio porta Caravaggio dal suo amico Cesare D'Arpino, il quale è in cerca di assistenti per la sua bottega.

Caravaggio incontra il barone Cenci e sua figlia. Il barone apprezza uno dei quadri che Caravaggio ha appena completato. La figlia del barone è nella sua carrozza e scambia quattro chiacchiere con Caravaggio.

Michele regala uno dei suoi ultimi lavori a Beatrice Cenci, la figlia del conte Cenci, tristemente incatenata nella sua carrozza. A causa di un incidente con un calesse, Michele si ferisce gravemente ad una gamba.

Caravaggio riesce a vendere uno dei suoi quadri e decide di lasciare la bottega di Cavalier d'Arpino, nel tentativo di mettersi in proprio. Dopo aver trovato una stanza in cui andare a vivere, inizia a lavorare al dipinto Ragazzo morso da un ramarro.

Prosperino cerca di vendere il quadro Ragazzo morso dal ramarro, ma i mercanti d'arte non sembrano apprezzarlo. Michele e Mario perdono facilmente la pazienza con i mercanti d'arte che vogliono offrire poco e niente per il quadro di Michele.

Michele e Mario non stanno attraversando un bel momento. Soffrono la fame e ancora nessuno apprezza veramente i quadri di Michele.

Michelangelo inizia a farsi notare tra i mercanti d'arte e i facoltosi, tanto che il cardinale Francesco Maria Del Monte gli offre alloggio presso la residenza dei Medici a Firenze.

Il giovane Michelangelo entra al servizio del cardinal Francesco Maria del Monte, grandissimo uomo di cultura e appassionato d'arte. In cambio della sua ospitalità, Michelangelo dovrà dedicarsi completamente alla pittura.

Da una conversazione tra il cardinale e il marchese Giustiniani, importante collezionista d'arte d'Europa, apprendiamo della morte di Francesco Cenci. Il marchese Giustiniani apprezza i lavori di Michele, al contrario del maestro Zuccari.

Caravaggio torna nella taverna frequentata da Ranuccio e Fillide. Decide di sfidare Ranuccio per avere Fillide tutta per sé.

È il giorno della sfida al gioco della pallacorda. Chi vincerà tra Caravaggio e Ranuccio?

Dopo aver ultimato il ritratto, Caravaggio e Fillide si concedono un momento di passione.

Durante una cena a casa di Fillide, l'avvocato Strozzi racconta la storia di Beatrice Cenci, arrestata per presunto parricidio. Michele non condivide minimamente la sua versione dei fatti e il modo in cui parla di Beatrice così gli si scaglia contro.

Michele ritorna a Palazzo e ad aspettarlo ci sono il Cardinale e Costanza Colonna. Beatrice Cenci, accusata di parricidio, si difende davanti a Sua Santità.

Nessuno fu in grado di salvare Beatrice Cenci dalle accuse dell'Inquisizione. Prima le torture e poi la terribile esecuzione in una piazza gremita di folla.